Изучая историю Аптекарского переулка необходимо учитывать, то обстоятельство, что в Москве в начале 17 века их было два.

Один из них нынешний Аптекарский переулок получил название по одной из первых московских частных аптек, основанной по указу Петра I в 1701 году. Ранее, до этого указа, аптеки были казенные и обслуживали только царский двор. Новые аптеки предписывалось открывать «на больших проезжих и пространных и многолюдных улицах без всякого утеснения … виноградного и иного какого нелекарственного питья в тех аптеках не держать». Первая привилегия на открытие, как тогда говорили, «партикулярной» аптеки была выдана Готфриду Грегориусу в Ново-Немецкой слободе. Расположение Аптекарского переулка в современной Москве от Доброслободской улицы до Бауманской улицы

Второй переулок так же первоначально назывался Аптекарский, так как проходил мимо аптекарского огорода, заложенного в 1706 году по указу Петра I для выращивания лекарственных растений. В 1805 году огород был передан Московскому университету, и с тех пор здесь Ботанический сад МГУ. И только в первой половине XIX веке по фамилии домовладельца, коллежского асессора И. Г. Протопопова (по другим сведениям, домовладельцем был священник храма Животворящей Троицы при Пятницком кладбище Фёдор Симеонович Протопопов) переулку было дано название Протопоповский (Протопопов) сохранившееся и по сей день

На углу (сохранившего свое историческое название) Аптекарского переулка и Немецкой улицы, там, где в конце XVIII века был двор с каменными строениями и сад графа Михаила Мусина-Пушкина, сейчас стоит жилой трехэтажный дом (№50), построенный в 1893 году по проекту архитектора Л. Херсонского.
В самом Аптекарском переулке обращает на себя внимание краснокирпичный с белыми деталями отделки дом по №5/21, который строился в 1903 году владельцем участка купцом Ф.А. Деминым по проекту архитектора В.Пиотровича, а в 1905 году надстраивался четвертым этажом. Интересно, что под правой частью этого дома лежит кирпичная труба, в которую перед постройкой был заключен ручей Кукуй, который являлся когда-то границей старинной Немецкой слободы. Аптекарский переулок расположился от Доброслободской улицы до Бауманской улицы.

Чуть выше, расположился дом №9 стр. 1 построенный титулярным советником Ушаковым Василием Петровичем. Именно его девелоперские усилия и участию в торгах по межеванию пустующей территории Аптекарского переулка, привели к появлению, вначале одноэтажного, деревянного, а затем и двухэтажного здания.

Ознакомиться с расположением, планировками и купить отдельно стоящее здание «Дом Ушаковых» можно здесь